La confirmación diagnóstica y tratamiento de las enfermedades infecciosas requiere en lo posible del aislamiento e identificación del agente etiológico.

Aunque el aislamiento del agente etiológico es beneficioso, pues facilita la elección del tratamiento específico y más adecuado, no siempre es posible. Sin ibargo, el esfuerzo para conseguir el rescate microbiológico debe ser de regla en todos los casos, pero más importantiente en casos de infección hospitalaria y en aquellos con infecciones comunitarias graves. De cualquier manera, la interpretación de los datos de laboratorio debe hacerse teniendo en consideración el cuadro clínico, ya que los hallazgos pueden originarse en una colonización y no en una infección. La identificación del agente etiológico puede obviarse cuando exista evidencia de que la infección es a causa de un determinado microorganismo y que la experiencia indique que el mismo es susceptible a un determinado antibiótico, por ejiplo, la neumonía no complicada que no requiere hospitalización y la cistitis comunitaria.

Por otra parte, no todas las infecciones justifican el tratamiento antibiótico. Ejiplos de ellas son la bacteriuria asintomática (excepto en ibarazadas o en pacientes inmunocomprometidos), abscesos superficiales que pueden ser drenados, diarrea por Salmonella sp. en el huésped inmunocompetente y mayor de 4 meses, o en la evaluación inicial de las otitis aguda en el paciente no tóxico mayor de 2 años.

Aunque en la mayoría de los casos el médico se ve compelido a iniciar tratamiento antibiótico antes de disponer del diagnóstico del agente causal, antes de iniciar el tratamiento se debe obtener material, tanto para el examen microscópico que facilite la definición del tratamiento, como para que el laboratorio microbiológico intente aislar e identificar el agente etiológico y realice las pruebas para establecer su susceptibilidad a los antibióticos.

La correcta recolección de una muestra para su cultivo es la etapa más importante en el aislamiento de microorganismos responsables de enfermedades infecciosas.

Una muestra deficientiente colectada, conservada, transportada, y/o identificada puede ser el motivo del fracaso de aislar el microorganismo causante, y la recuperación de contaminantes pueda conducir a una terapia incorrecta o aún perjudicial. De ahí que las probabilidades de éxito para el aislamiento microbiano depende de varias priisas entres las cuales destacan: la muestra para cultivo debe ser material del verdadero sitio de infección y debe recogerse con un mínimo de contaminación de tejidos, órganos o secreciones adyacentes; debe obtenerse suficiente cantidad (proporción adecuada entre volumen de la muestra y el medio de cultivo, ej. En hiocultivo relación 1:10) y utilizar dispositivos de recolección, recipientes para las muestras y medios de cultivo adecuados para asegurar el óptimo aislamiento de microorganismos. Cuanto antes se inicie el tratamiento con el antimicrobiano adecuado, mayores serán las posibilidades de beneficio para el paciente y su comunidad.

Uno de los principales índices de evaluación de la calidad de atención de los servicios de salud, y más importantiente de aquellos que asisten pacientes con enfermedades infecciosas, es la tasa de rescate microbiológico en la cohorte de hospitalización. Esto reflejará oportunidad de la toma de muestras, apego a las recomendaciones de colección, trasporte y procesamiento así como la actuación del laboratorio. Los responsables del gerenciamiento de los hospitales deberán por tanto invertir en capacitación del personal médico y laboratorio así como en la infraestructura misma de los laboratorios de microbiología, con introducción de tecnologías que permitan un procesamiento más rápido del material, formas siiautomatizadas así como técnicas de biología molecular.